1.化学处理方法
在抗生素制药废水的化学处理方法中，采用臭氧氧化的方法能提高抗生素废水的BOD5/COD 比值，同时对COD有较好的去除率。
2.物化处理方法
由于抗生素生产废水成分复杂、有机物含量高、含有少量的残留抗生素，在采用生化处理时，残留抗生素对微生物的强烈阻止作用可造成污水处理过程复杂、成本高和效果不稳定。因此在抗生素废水的处理过程中，直接采用物化处理方法或作为后续生化处理的预处理方法以降。
3.厌氧处理方法
由于厌氧处理过程中起主要代谢作用的产酸菌和产甲烷菌具有相对不同的生物学特征，因此可以分别构造适合其生长的不同环境条件，利用产酸菌生长快、对毒物敏感性差的特点将其作为厌氧过程的首段，以提高废水的可生化性，减少废水的复杂成分及毒性对产甲烷菌的阻止作用，提高处理系统的抗冲击负荷能力，进而保证后续复合厌氧处理系统的产甲烷阶段处理效果的稳定性。
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