培养生化菌的周期长短在于废水的水温和水质。若水温高于15℃，培菌的过程较快，反之，需要的时间较长。因此，以长江流域为例，污泥的培养驯化应尽量选择在5月到11月这段期间进行。就废水的水质而言，无害、容易被生物降解的废水，所需的时间一般在10-20天，反之约需30-60天，甚至更长。
在清水调试完成后，对于可生化性能较好的废水，可以直接用废水驯化微生物；对于化工废水或可生化性能比较差的废水则应采取分步培菌法，具体步骤如下：
（1）快速增殖。快速增殖是为了让污泥快速生长到填料上去。一般来说，采购来的污泥微生物都会有不同程度的受损，它们在新的环境中有一个恢复和生长的过程，需要有一个好的生存环境。如果这时直接用化工废水驯化，其结果必然会导致微生物大量死亡。因此第1阶段可用生活污水或葡萄糖或干面粉烧制的熟浆糊来培菌，每天记得给给菌种和好氧池曝气，给微生物营造好的环境，使其可以快速恢复和生长繁殖，这种方法就叫做快速增殖法。
（2）废水驯化。污泥生长到填料上去以后，每天在生化池内加入的干面粉可适当增加。这时，生化池内可以开始泵入废水。初始废水的量要小，然后每天逐步增加废水的泵入量，直至达到设计的废水进水量。在废水泵入量增加的同时，葡萄糖或干面粉的投加量应相应减少直至停止投加。
培菌驯化期间，每天都要测定COD浓度，避免超负荷冲击。当好氧池正常进废水时，COD去除率超过百分之八十，处理后的废水中COD浓度在200mg/L以下，说明生化池已可以正常工作。 培菌完成以后，即可进行正常的运作。
